Pour fonctionner, la MSP a un budget constitué principalement de fonds de la CPAM obtenus par les ACI (Accords Conventionnels Interprofessionnels). Le budget peut être augmenté par des appels à projets auprès de l'ARS par exemple.
Une partie des membres de la MSP s'est constituée en SISA (Société interprofessionnelle de Soins Ambulatoires). Cette entité juridique permet de signer les ACI avec la CPAM et ainsi de percevoir des fonds selon différents objectifs socles et optionnels fixés dans le cadre de ces accords.
Les thématiques des objectifs sont les suivants: